问题解答

《基于高通量测序的基因组分析》

1. 第46页，图56下，“busco ..."这个命令最后增加一个参数项”--augustus“，即整个命令为”busco --in ... --augustus_species arabidopsis --augustus"（中间部分省略没写）。

2. 第35-36页，如果是用conda安装hapog的程序，如"conda create -n hapog"(创建了hapog环境）,那么“mapping.py”这个程序在conda环境的"/home/o/anaconda3/envs/hapog/lib/python3.10/site-packages/hapog"目录下，其中“/home/o/anaconda3”是我安装conda的目录，读者的会和我的不同；“pathon3.10”是安装的python版本，读者也可能与我的不同，如“python3.8"等。

3. 第15页，此页中间“./sickle pe ...”最后面的“-q 30 -l 80”是指保留测序质量30以上，长度不低于80bp的序列。

4. 第79页，此页中的“funannotate train ...”这个命令中的“--stranded RF" 改为”--stranded no“。

5. 第117页，倒数第二行“（注意“*”前面有个空格”改为“（注意“*”前面有两个空格”。即

“sed 's/ */ /g' EHZ_LD.ld | cut -d " " -f 3 >EHZ_LD.1.ld” 改为

“sed 's/ **/ /g' EHZ_LD.ld | cut -d " " -f 3 >EHZ_LD.1.ld”。

6. 第127页倒数第3行，"CHR_BASH"程序请在网页下载更新的程序，打包下载的这一程序有错。

7. 第60页，第一行这个命令中，“scaffold.break- hic_HiC.review.assembly”中，“break-”和后面的”hic_HiC.review.assembly”和 之间没有空格，即为“scaffold.break-hic_HiC.review.assembly”。

《分子生态学与数据分析基础》

1.　第201页，图8-34中R程序的第5行“SLP<-split_lines_poly(shape.ln,b2)”中的命令“split_lines_poly”运行中可能会出问题，这是由于新版本的tmap程序已经把这个命令删除。读者可以下载我提供的旧版本tmap程序（请在主界面找到“演示数据和相关程序下载”）下载。或者把这个命令改为“SLP<-intersect(b2,shape.ln,drop = TRUE)”。

2. 　第35页，MsatCommander软件，图3-1中如果选择“All（slow!)”这个选项，对于较大的数据，运行会很慢，建议还是单个单个选择运行，如先选“Mononucleodite”运行，再依次选“Dinucleodite”等运行。这里说明下，虽然还有很多其它微卫星寻找的程序，但MsatCommander软件是最方便的一个，其它相似软件都安装较为复杂。

3. 　第136页，第一行至第二行中的“Obj<-read.genepop("c:/shiyan.gen",(package="adegenet"))命令。如果读者使用新版本的adegenet，运行这个命令会出错。这是软件的一个BUG。解决方法，在R的安装目录下（一般在“C:\Program Files”下或“C:\Program Files (x86)”下），依次找到并进入“library”、“adegenet”和“files”，把“shiyan.gen”这个文件拷贝到“files”目录下，然后把上述命令改为“Obj<-read.genepop(system.file("files/shiyan.gen",package="adegenet"))即可。感谢李萌发现问题。

4.　第136页，如果是读取AFLP这类显性数据，可用如下方法：

a<-read.table("C:/Program Files/R/R-3.2.2/library/adegenet/files/AFLP.txt")

Obj <- df2genind(a,ploidy=2,type=c("PA"),ncode=1)

其中“AFLP.txt”是adegenet软件包自带的演示文件。文件在安装R和adegenet的目录下，如我的是在C:/Program Files/R/R-3.2.2/library/adegenet/files下。感谢全慧敏提出。

5. 第180-181页图中的r代码和下载演示的r代码有点出入。演示的r代码是正确的，而书中的r代码不全。因为整个运算是个循环，为了对中间步骤的一些值进行说明，我没有让程序进行循环，而是运行了其中一步。读者可在网站下载演示r代码对比查看。感谢李萌提出。